Il centro di Capalbio Scalo è situato nella parte meridionale della costa d'Argento, lungo il litorale della Maremma grossetana, a circa 8 m d'altitudine e a poco più di 1 km in linea d'aria dalla costa del mar Tirreno. Il paese sorge in prossimità della riva settentrionale del lago di Burano, dalla quale è separata dal tracciato della ferrovia.
L'area del lago di Burano è di significativo interesse naturalistico e dal 1980 è riserva naturale statale: si tratta di una laguna salmastra che si estende per circa 236 ettari, ha una profondità media di un metro ed è separato dal mar Tirreno da una stretta fascia di dune, che costituisce uno dei tratti costieri naturalisticamente meglio conservati della regione. A nord di Capalbio Scalo, alle pendici del Poggio Capalbiaccio (238 m), è invece situato il lago di San Floriano, bacino lacustre collegato con il lago di Burano tramite il fosso San Floriano (4 km) che va ad immettersi nel fosso Melone (9 km) corso d'acqua che nasce da Poggio Imperiale (147 m) e dopo aver attraversato la frazione del Giardino si allaccia al lago di Burano presso la Tagliata etrusca. A sud-est del paese, sul lato orientale del lago, ha origine il canale emissario del Lago di Burano.
Capalbio Scalo dista poco meno di 10 km dal capoluogo comunale e circa 50 km da Grosseto.
La frazione di Capalbio Scalo nacque nella seconda metà del XIX secolo in una località nota come Nunziatella, grazie all'inaugurazione della ferrovia avvenuta nell'agosto 1864, della quale la stazione di Nunziatella costituiva temporaneamente il capolina meridionale; il collegamento con Civitavecchia e quindi con Roma avvenne poco dopo nell'estate del 1867. La stazione era a servizio del territorio capalbiese, allora parte del comune di Orbetello, ed era sfruttata soprattutto dalla vicina tenuta della Nunziatella.
Il piccolo paese iniziò a sorgere intorno alla stazione, ma si sviluppò principalmente nel corso del XX secolo, grazie anche alla riforma agraria avviata nel 1951 che razionalizzò e ripopolò le campagne, rendendo il paese il centro abitato principale dell'area costiera del comune di Capalbio, grazie anche alla sua strategica posizione tra la ferrovia e la via Aurelia. La frazione assunse una propria fisionomia in seguito ad un piano regolatore del 1967, con la costruzione di villini e palazzine che costituiscono i margini del moderno centro abitato.
Negli ultimi anni è stata costruita una zona residenziale nell'area nord del paese, verso il collegamento con la via Aurelia, e con i suoi 551 abitanti nel 2011 Capalbio Scalo è la frazione più popolosa del comune di Capalbio.
A Capalbio Scalo è situata la chiesa di Santa Maria Goretti, chiesa parrocchiale della frazione. La parrocchia di Capalbio Scalo fu istituita il 6 luglio 1986 con territorio distaccato da quella di Borgo Carige, mentre l'edificio di culto venne consacrato il 6 settembre 1986 dal vescovo Eugenio Binini.[4] La chiesa presenta una facciata decorata da un oculo sovrastante il portale e da un timpano rialzato, è a croce latina ed è realizzata con murature in pietra locale.
La torre di Buranaccio